Полномочия, задачи и функции Контрольно-счетной палаты Забайкальского края определены Бюджетным кодексом Российской Федерации, Федеральным законом от 07.02.2011 № 6-ФЗ «Об общих принципах организации и деятельности контрольно-счетных органов субъектов Российской Федерации и муниципальных образований», Федеральным законом от 5 апреля 2013 года №44-ФЗ «О контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд»; Законом Забайкальского края от 02.11.2011 №579-ЗЗК «О Контрольно-счетной палате Забайкальского края».

В число основных полномочий Контрольно-счетной палаты Забайкальского края отнесены следующие: 

1) организация и осуществление контроля за законностью и эффективностью использования средств бюджета Забайкальского края, бюджета территориального государственного внебюджетного фонда Забайкальского края, а также иных средств в случаях, предусмотренных законодательством Российской Федерации;

2) экспертиза проектов законов о бюджете Забайкальского края и проектов законов о бюджетах территориального государственного внебюджетного фонда Забайкальского края, проверка и анализ обоснованности их показателей;

3) внешняя проверка годового отчета об исполнении бюджета Забайкальского края, об исполнении местного бюджета в пределах компетенции, установленной Бюджетным кодексом Российской Федерации, годового отчета об исполнении бюджета территориального государственного внебюджетного фонда Забайкальского края;

4) проведение аудита в сфере закупок товаров, работ и услуг в соответствии с Федеральным законом от 5 апреля 2013 года №44-ФЗ «О контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд»;

5) оценка эффективности формирования государственной собственности Забайкальского края, управления и распоряжения такой собственностью и контроль за соблюдением установленного порядка формирования такой собственности, управления и распоряжения такой собственностью (включая исключительные права на результаты интеллектуальной деятельности);

6) оценка эффективности предоставления налоговых и иных льгот и преимуществ, бюджетных кредитов за счет средств бюджета Забайкальского края, а также оценка законности предоставления государственных гарантий и поручительств или обеспечения исполнения обязательств другими способами по сделкам, совершаемым юридическими лицами и индивидуальными предпринимателями за счет средств бюджета Забайкальского края и имущества, находящегося в государственной собственности Забайкальского края;

7) экспертиза проектов законов и иных нормативных правовых актов органов государственной власти Забайкальского края в части, касающейся расходных обязательств Забайкальского края, экспертиза проектов законов Забайкальского края, приводящих к изменению доходов бюджета Забайкальского края и бюджета территориального государственного внебюджетного фонда Забайкальского края, а также государственных программ (проектов государственных программ);

8) анализ и мониторинг бюджетного процесса в Забайкальском крае, в том числе подготовка предложений по устранению выявленных отклонений в бюджетном процессе и совершенствованию бюджетного законодательства Российской Федерации;

9) контроль за законностью и эффективностью использования межбюджетных трансфертов, предоставленных из бюджета Забайкальского края бюджетам муниципальных образований, расположенных на территории Забайкальского края, а также проверка местного бюджета в случаях, установленных Бюджетным кодексом Российской Федерации;

10) проведение оперативного анализа исполнения и контроля за организацией исполнения бюджета Забайкальского края, бюджета территориального государственного внебюджетного фонда в текущем финансовом году, ежеквартальное представление информации о ходе исполнения бюджета Забайкальского края, бюджета территориального государственного внебюджетного фонда, о результатах проведенных контрольных и экспертно-аналитических мероприятий в законодательный (представительный) орган государственной власти Забайкальского края и высшему должностному лицу Забайкальского края (руководителю высшего исполнительного органа государственной власти Забайкальского края);

11) осуществление контроля за состоянием государственного внутреннего и внешнего долга Забайкальского края;

12) оценка реализуемости, рисков и результатов достижения целей социально-экономического развития Забайкальского края, предусмотренных документами стратегического планирования Забайкальского края, в пределах компетенции контрольно-счетного органа субъекта Российской Федерации;

13) участие в пределах полномочий в мероприятиях, направленных на противодействие коррупции;

14) иные полномочия в сфере внешнего государственного финансового контроля, установленные федеральными законами, конституцией (уставом) и законами Забайкальского края.

По результатам контрольных и экспертно-аналитических мероприятий Контрольно-счетная палата вправе: вносить представления; направлять предписания; направлять  уведомления о применении бюджетных мер принуждения.

В случае выявления достаточных данных, указывающих на наличие события административного правонарушения в сфере бюджетных правоотношений,  должностные лица Контрольно-счетной палаты  составляют протоколы об административных правонарушениях.